橡膠HMGR蛋白的生物信息學(xué)分析與同源模建

利用生物信息學(xué)方法分析了橡膠HMGR蛋白的氨基酸組成、等電點(diǎn)、疏水/親水區(qū)、二級(jí)結(jié)構(gòu)等蛋白質(zhì)性質(zhì),并同荔枝、擬南芥和水稻的蛋白進(jìn)行了對(duì)比,并用生物信息學(xué)軟件對(duì)其空間結(jié)構(gòu)進(jìn)行了模擬,同時(shí)對(duì)模建結(jié)果進(jìn)行了結(jié)構(gòu)質(zhì)量的分析與檢測(cè).結(jié)果表明:該蛋白共有575個(gè)氨基酸,等電點(diǎn)為6.44,二級(jí)結(jié)構(gòu)中α螺旋占45.91%,β折疊片占13.04%,無(wú)規(guī)卷曲占35.83%.三維結(jié)構(gòu)檢測(cè)表明,此模型的結(jié)構(gòu)符合立體化學(xué)規(guī)則.此外,利用該模型預(yù)測(cè)了配體SIM和ADP在HMGR結(jié)構(gòu)空間的近似位置,并定位了與SIM和ADP作用的相關(guān)殘基.

作 者： 吳春太 李維國(guó) 高新生 張曉飛 WU Chuntai LI Weiguo GAO Xinsheng ZHANG Xiaofei   作者單位： 中國(guó)熱帶農(nóng)業(yè)科學(xué)院橡膠研究所/國(guó)家橡膠樹(shù)育種中心,海南儋州,571737  刊 名： 熱帶農(nóng)業(yè)科學(xué)  英文刊名： CHINESE JOURNAL OF TROPICAL AGRICULTURE  年，卷(期)： 2009 29(10)  分類號(hào)： S794.1  關(guān)鍵詞： 橡膠   HMGR蛋白   生物信息學(xué)   同源模建  

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