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基于兩層分類器的半胱氨酸氧化還原狀態(tài)預(yù)測(cè)方法
提出了兩層混合分類器來預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)半胱氨酸氧化還原狀態(tài),第一層總體線性分類器利用氨基酸百分含量作為輸入信息,第二層局部SVM分類器利用半胱氨酸周圍局部序列作為輸入信息.以2002年4月份的PISCES culled PDB數(shù)據(jù)庫(kù)中的639條蛋白質(zhì)多肽鏈作為研究對(duì)象,共含有584條二硫鍵,2 904個(gè)半胱氨酸.經(jīng)嚴(yán)格的折疊刀方法檢驗(yàn),預(yù)測(cè)半胱氨酸的氧化還原狀態(tài)準(zhǔn)確率最高可達(dá)84.1%(半胱氨酸水平)和80.1%(蛋白質(zhì)水平).結(jié)果表明這種將蛋白質(zhì)總體信息與局部上下文序列信息結(jié)合起來構(gòu)建的兩層混和分類器具有較高的預(yù)測(cè)準(zhǔn)確率.研究結(jié)果也表明總體氨基酸百分含量和半胱氨酸周圍局部序列都攜帶有二硫鍵形成的相關(guān)信息,暗示了半胱氨酸是否形成二硫鍵不但取決于蛋白質(zhì)全局的結(jié)構(gòu)信息同時(shí)也受到局部序列信息的影響.
作 者： 宋江寧 李煒疆 須文波 SONG JiangNing LI WeiJiang XU WenBo 作者單位： 宋江寧,李煒疆,SONG JiangNing,LI WeiJiang(江南大學(xué)工業(yè)生物技術(shù)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,江蘇,無錫,214036;江南大學(xué)生物工程學(xué)院,江蘇,無錫,214036)須文波,XU WenBo(江南大學(xué)信息工程學(xué)院,江蘇,無錫,214036)
刊 名： 計(jì)算機(jī)與應(yīng)用化學(xué) ISTIC PKU 英文刊名： COMPUTERS AND APPLIED CHEMISTRY 年，卷(期)： 2006 23(2) 分類號(hào)： Q61 關(guān)鍵詞： 二硫鍵 半胱氨酸 氨基酸百分含量 支持向量機(jī) 協(xié)同性【基于兩層分類器的半胱氨酸氧化還原狀態(tài)預(yù)測(cè)方法】相關(guān)文章：
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